Om Donkey Kong Country Returns 3D geschikt te maken voor een draagbare spelervaring, is een New Mode aan het spel toegevoegd. In deze New Mode hebben spelers toegang tot nieuwe voorwerpen en krijgen Donkey en Diddy Kong elk drie harten (in plaats van twee harten per aap in de Original Mode), zodat het spel wat makkelijker wordt voor nieuwkomers. De nieuwe voorwerpen in de New Mode zijn onder andere de meeneembare DK-tonnen, die spelers op elk moment kunnen gebruiken om Diddy Kong te krijgen; groene ballonnen die Donkey en Diddy Kong behoeden voor een val van een klif of randje en 'Crash Guards' die spelers tijdelijk onkwetsbaar maken tijdens ritjes met een raketton of mijnwagentje. Fans kunnen ook de Original Mode spelen om het spel te ervaren zoals het oorspronkelijk was ontworpen. Exclusief voor Donkey Kong Country Returns 3D is een gloednieuwe negende wereld met acht uitdagende levels aan het spel toegevoegd. Deze zogenaamde Cloud komt beschikbaar als spelers de rest van het spel hebben voltooid. Wanneer twee spelers beide een exemplaar van het spel bezitten, kunnen ze via draadloze communicatie met Donkey en Diddy Kong samenwerkend over Donkey Kong Island heersen. Donkey Kong Country Returns 3D brengt het geliefde Donkey Kong Country Returns van de Wii naar de Nintendo 3DS-systemen, maar dan inclusief een New Mode, extra levels en spectaculaire 3D-effecten.